Στα προβλήματα που απορρέουν από την ίδια τη δομή της δίαιτας συγκαταλέγονται:

• Μειωμένη ενέργεια: Ο αυστηρός περιορισμός των υδατανθράκων οδηγεί σε αίσθημα κόπωσης και κακουχία. Οι υδατάνθρακες είναι το βασικό καύσιμο του οργανισμού έτσι ώστε ο οργανισμός να έχει ενέργεια. Η έλλειψή τους μπορεί να προκαλέσει αίσθημα μειωμένης ενέργειας, νευρικότητα και έντονη κόπωση, ειδικά σε άτομα που έχουν απαιτητική καθημερινότητα.
• Έλλειψη συγκέντρωσης: Ο ανθρώπινος εγκέφαλος τρέφεται αποκλειστικά με γλυκόζη που είναι ένας από τους βασικούς υδατάνθρακες που καταναλώνει και χρειάζεται ο άνθρωπος. Ο αποκλεισμός των υδατανθράκων οδηγεί σε δυσκολία συγκέντρωσης, μνήμης και ελλειμματική προσοχή.
• Αυξημένη πρόσληψη λίπους: Ο περιορισμός των υδατανθράκων συνεπάγεται με αυξημένη πρόσληψη πρωτεΐνης και λιπαρών. Οι πηγές πρωτεΐνης συνοδεύονται συχνά από κορεσμένα λιπαρά (π.χ. κόκκινο κρέας, τυριά), κάτι που μπορεί να επιβαρύνει το καρδιαγγειακό σύστημα και να δυσκολέψει και την απώλεια βάρους σε κάποιες περιπτώσεις.
• Έλλειψη βιταμινών και αντιοξειδωτικών: Η μειωμένη κατανάλωση φρούτων αλλά και ο περιορισμός των λαχανικών σε κάποια στάδια που συστήνει η δίαιτα dukan, μειώνει την πρόσληψη πολύτιμων μικροθρεπτικών συστατικών, οδηγώντας σε χαμηλή αντιοξειδωτική προστασία και αυξημένο κίνδυνο φλεγμονών.
• Επιβάρυνση νεφρικής λειτουργίας: Ο οργανισμός μπορεί να μεταβολίσει και να αποθηκεύσει ορισμένη ποσότητα πρωτεϊνών καθημερινά (συγκεκριμένα αυτό υπολογίζεται σε 1γρ./κιλό σωματικού βάρους για τον καθένα), και η πλεονάζουσα πρωτεΐνη που προσλαμβάνεται αποβάλλεται από τον οργανισμό μέσω των νεφρών. Επομένως, η υπερβολική κατανάλωση πρωτεΐνης σημαίνει ότι τα νεφρά δουλεύουν πολύ πιο σκληρά για να αποβάλλουν τα υποπροϊόντα του μεταβολισμού, κάτι που μακροπρόθεσμα μπορεί να οδηγήσει σε προβλήματα όπως η νεφρολιθίαση κ.α.
• Δυσλειτουργία μεταβολισμού: Ο οργανισμός λειτουργεί με βάση την διατήρηση των ισορροπιών με στόχο τη διατήρηση της υγείας. Όταν αποκλείονται ολόκληρες ομάδες τροφίμων, ο οργανισμός «μπερδεύεται» και η απώλεια βάρους αφορά κυρίως υγρά και μυϊκή μάζα αντί για λίπος.
• Κακοσμία στόματος: Η κέτωση που προκαλείται από τον περιορισμό των υδατανθράκων και την υπερβολική πρόσληψη πρωτεϊνών οδηγεί σε παραγωγή ουσιών (κετονών), οι οποίες αποβάλλονται με την αναπνοή και δίνουν τη χαρακτηριστική δυσάρεστη οσμή.
• Ουρική αρθρίτιδα: Η υπερβολική κατανάλωση πρωτεϊνών αυξάνει τα επίπεδα ουρικού οξέος στο αίμα, το οποίο μπορεί να συσσωρευτεί στις αρθρώσεις. Αυτό συχνά οδηγεί σε φλεγμονές, πρήξιμο και έντονο πόνο, τυπικά συμπτώματα της ουρικής αρθρίτιδας.
• Δυσκοιλιότητα: Η χαμηλή πρόσληψη φυτικών ινών, λόγω περιορισμού σε φρούτα, δημητριακά και όσπρια, οδηγεί σε προβλήματα του πεπτικού όπως φούσκωμα και δυσκοιλιότητα.